Больше 50 компаний-резидентов «Сколково» столкнулись с претензиями ФНС из-за того, как они применяли ИТ-льготы после утраты права на сколковские послабления. Для российского IT-бизнеса это плохая новость не только из-за доначислений: спор показывает, что привычные налоговые сценарии, которые еще недавно казались рабочими, теперь читаются налоговой сильно строже.
О ситуации сообщает vc.ru со ссылкой на юристов и налоговых консультантов, знакомых с проверками. Речь идет об организациях, которые в течение одного налогового периода переставали соответствовать режиму «Сколково» по налогу на прибыль, а затем пытались перейти на льготный режим для аккредитованных IT-компаний из реестра Минцифры. Позиция ФНС, если коротко, такая: потерял право на одну льготу внутри года — не можешь тут же взять другую в том же периоде. Значит, прибыль нужно облагать по полной ставке.
Ключевой конфликт упирается в трактовку Налогового кодекса, а именно статьи 284. По словам экспертов, на которых ссылается РБК, в норме есть формулировка, что после утраты статуса резидента «Сколково» прибыль облагается по общей ставке 25%, если самой статьей не предусмотрено иное. Проблема в том, что в этой же статье есть специальная ставка для IT-компаний. Юристы считают, что именно здесь и возникает пространство для спора: можно ли после потери сколковской льготы сразу перейти на ИТ-льготы, если компания уже состоит в профильном реестре Минцифры, или налоговая вправе заставить ее досидеть до конца периода на общей ставке.
Собеседники издания утверждают, что до второй половины 2025 года этот вопрос не выглядел конфликтным. Более того, по их словам, налоговые инспекторы сами рекомендовали компаниям подавать уточненные декларации и при необходимости заявлять IT-режим. После окончания моратория на налоговые проверки IT-компаний в марте 2025 года тон изменился. ФНС, как описывают консультанты, активнее пошла в отрасль и отдельно сфокусировалась на правомерности льгот. Для рынка это важный штрих: проблема не в том, что норма внезапно появилась, а в том, что ее начали иначе читать и применять задним числом к уже сложившейся практике.
На стороне налоговой теперь есть и более жесткий нормативный фон. С начала 2026 года действует прямой запрет на совмещение отраслевых налоговых льгот с послаблениями для резидентов «Сколково». Но самое неприятное для бизнеса в этой истории в другом: как объясняют эксперты, ФНС распространяет строгий подход и на ситуации, случившиеся до 2026 года. Даже если компания прекратила резидентство и попыталась перейти на ИТ-льготы раньше, ведомство, по их словам, разрешает использовать такой режим только со следующего налогового периода. То есть окно для «бесшовного» перехода фактически закрывается не с 2026-го, а задним числом на практике проверок.
Сама ФНС в комментарии РБК формулирует позицию аккуратнее. Ведомство говорит, что контролирует правомерность применения льгот на основе риск-ориентированного подхода и что до 2026 года IT-компании могли применять льготу по своему усмотрению при отсутствии иных нарушений. Это важная оговорка. Она не выглядит прямым подтверждением права на автоматический переход внутри года, но и не звучит как безусловный запрет на него. Именно поэтому спор, скорее всего, не закончится письмами инспекций и камеральными актами: там, где суммы заметные, компании наверняка пойдут дальше в досудебные споры и суды.
Для стартапов, финансовых директоров и основателей технологических компаний это история не про тонкости формулировок, а про цену налоговой самоуверенности. Модель «сначала одна льгота, потом другая» долго воспринималась как технически допустимая, если статусы и аккредитации оформлены корректно. Теперь выясняется, что даже при формальном соответствии критериям логика налогового перехода может быть оспорена. Особенно уязвимы те, кто строил финансовую модель, исходя из пониженной ставки в том же году, когда потерял сколковский режим. Если налоговая доначисляет полную ставку, это уже не косметическая правка отчетности, а удар по марже, планам найма и инвестиционным переговорам.
Есть и более широкий отраслевой эффект. После нескольких лет, когда государство последовательно наращивало льготы для IT, рынок привык воспринимать их как часть промышленной политики: получил аккредитацию, попал в реестр, соблюдаешь критерии — работаешь в понятном режиме. История с резидентами «Сколково» показывает, что льгота остается льготой, а не гарантией, и ее границы могут сдвинуться вслед за фискальной логикой. Собеседники РБК прямо связывают изменение подхода с ростом бюджетного дефицита и более агрессивной трактовкой норм. Даже если эта оценка субъективна, она хорошо описывает настроение на рынке: бизнес ожидал предсказуемости, а получил напоминание, что в налоговой архитектуре предсказуемость живет до первой серьезной проверки.
Теперь главный вопрос не в том, сколько именно резидентов «Сколково» получат претензии вслед за уже упомянутыми 50 с лишним компаниями, а в том, станет ли спорная трактовка новым стандартом для всех похожих кейсов. Если да, IT-компаниям придется пересматривать не только старые декларации, но и сам подход к льготам: меньше надежды на «логичный переход», больше консерватизма в моделях и больше расходов на налоговую защиту еще до того, как инспектор откроет камеральную проверку.