Nvidia представила BioNeMo Agent Toolkit, который позволяет ускорить процессы предсказания биомолекулярных структур до 177 раз. Это становится важным шагом для учёных и исследователей, работающих в сфере разработки лекарств и дизайна белков, так как быстрое и эффективное моделирование стало необходимостью.
Текущие потребности научного сообщества
Предсказание структуры белков и ко-складывание являются ключевыми задачами в молекулярной биологии, особенно в контексте разработки новых лекарств. Nvidia усиливает свои позиции на этом рынке, предоставляя мощные инструменты для обработки больших объёмов данных. Острые потребности многих лабораторий в быстром анализе большой молекулярной сборки требуют именно таких инновационных решений.
Использование BioNeMo Agent Toolkit оптимизирует разные стадии рабочего процесса, включая генерацию множественной последовательности (MSA) на GPU, что ранее было бутылочным горлышком в вычислениях на CPU. Теперь MSA генерируется с помощью MMseqs2-GPU на архитектурах Hopper и Blackwell, что приводит к увеличению скорости в 177 раз по сравнению с JackHMMER на CPU.
Преимущества нового инструмента
Среди других критически важных улучшений: cuEquivariance сокращает время работы модели OpenFold3 до 3 раз, увеличивая лимиты последовательностей до 5,9 тыс. токенов. А Fold-CP позволяет моделировать большие структуры, использующие многопроцессорные системы, что значительно расширяет возможности в исследовании сложных белковых комплексов, таких как рибосомы.
Эти ускорения и улучшения делают использование ко-складывающих моделей жизнеспособными для виртуального экранирования, что позволяет просматривать миллионы соединений одновременно.
Что это значит для исследователей
Для исследований в области биомедицинских технологий в России это сообщение от Nvidia открывает новые горизонты. Упрощение процессов предсказания структуры белков с использованием современных GPU-технологий делает их более доступными и возможно экономически рациональными для исследовательских учреждений и стартапов. Это может привести к ускорению разработки новых препаратов и улучшению лечения заболеваний.
Следующим шагом станет интеграция BioNeMo Toolkit в существующие исследовательские платформы и получение новых научных результатов, которые помогут в борьбе с актуальными медицинскими проблемами.